Hallo fibroin, das tut immer weh, wenn ein Volk so eingeht, habe ich auch mal genau so erlebt.
Ich habe in diesem Winter ebenfalls verstärkt mit Kotspuren in den Völkern zu tun. Allerdings gab es im letzten Spätsommer keinen oder kaum Honigtau bei uns, der Wabeninhalt war nicht dunkel. Hast Du mal drauf geachtet, wie die Farbe des Nektars war, den sie nach dem letzten Abschleudern rangeholt haben? Vielleicht gab es ja bei Dir in der Gegend bei wärmerem Wetter noch Läuse auf den Bäumen? Ich habe in den letzten Jahren oft ganze Eimer dunklen "Honig" im September ausgeschleudet und weggeschüttet, daran können Völker kaputt gehen wegen des hohen Ballaststoffgehaltes, den sie bei kalten Temperaturen dann mit dem Kot nicht draußen los werden können.
Die Waben musst Du nicht komplett entsorgen, es reicht sie auszuschneiden und die Rähmchen zu desinfizieren. Auf jeden Fall aber die Beute gut verschließen! Ich habe Holzbeuten, die werden in solchen Fällen abgeflammt, aber das machen wir eh jedes Frühjahr, mit allen Beuten.
Warum bei mir mal stärker mal schwächer immer wieder Kotflecken auf den Windeln sind, kann ich mir nur mit einem ungünstigen Nektareintrag im Spätsommer erklären. Ich habe komisch kristallisierten aber noch recht weichen Honig an einigen Stellen auf den Futterwaben gesehen, keine Ahnung, ob das Senf war(?). Ich habe auch im Winter immer die Windeln auf den Gitterböden zu liegen. Kotflecken landen somit nicht dauerhaft auf dem Gitterboden, sondern ich kann die Windeln mit einem Haken durch das schmale Flugloch rausziehen und säubern. Auch tote Bienen, und bei einem Volk Kalkbrut, kann ich so entsorgen. Damit sind die Ansteckungsherde (Sporen) minimiert, der Zustand hat sich auch gebessert. Macht zwar ne Menge Arbeit, jede Woche äußerst vorsichtig und "heimlich" die Windeln raus und rein, bringt aber was.
Es war gut, dass Du die Varroen noch mit OS-Verdampfung reduziert hast, sonst hättest Du jetzt eine große Belastung in den Völkern, die zusätzlich die Widerstandskraft gegen Nosema mindert. Ich drück Dir die Daumen!
P.S. Völker mit Durchfall bzw. Kalkbrut sollten nach meiner Erfahrung und Ratschlägen anderer Imker "warm" gehalten werden. Also Vermeidung von Zugluft oder Abströmen von Wärme, d.h. Gitterböden geschlossen halten.